Screening kesehatan merupakan salah satu program kerja UKS di SMAIT Abu Bakar Yogyakarta yang bekerjasama dengan Puskesmas. Kegiatan ini rutin dilaksanakan setiap tahun. Sasaran dari program ini adalah siswa baru atau siswa kelas X yang bertujuan untuk mendeteksi penyakit atau penjaringan kesehatan. Pemeriksaan kesehatan yang dilakukan pada program ini meliputi